ഇ പി ജയരാജനെ ബോംബെറിഞ്ഞ കേസിൽ മുഴുവൻ പ്രതികളെയും കോടതി വെറുതെ വിട്ടു. ബിജെപി പ്രവർത്തകരായ 36 പേരെയാണ് തലശേരി അഡീഷണൽ സെഷൻസ് കോടതി വെറുതെ വിട്ടത്. ശാസ്ത്രീയമായി കേസ് തെളിയിക്കുന്നതിൽ പ്രോസിക്യൂഷൻ പരാജയപ്പെട്ടെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് പ്രതികളെ വെറുതെ വിട്ടത്. സാക്ഷികൾ എല്ലാം സിപിഎം പ്രവർത്തകരാണെന്നും പ്രതികളെ വിചാരണ സമയത്ത് ജയരാജനും ഡ്രൈവർക്കും തിരിച്ചറിയാനായില്ലെന്നും കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.
2000 ഡിസംബറിൽ ജയരാജൻ കണ്ണൂർ ജില്ലാ സെക്രട്ടറിയായിരിക്കെയാണ് കേസിന് ആസ്പദമായ സംഭവം നടന്നത്. പാനൂരിലേക്ക് പോകും വഴിയാണ് ആക്രമണമുണ്ടായത്. 1999 ൽ കൊല്ലപ്പെട്ട സിപിഎം പ്രവർത്തകൻ കനകരാജിന്റെ അനുസ്മരണ സമ്മേളനത്തിൽ പങ്കെടുക്കാൻ പോവുകയായിരുന്നു ജയരാജൻ. ജയരാജൻ സഞ്ചരിച്ച വാഹനത്തിന് നേരെ ബോബെറിയുകയായിരുന്നു. കേസിലെ ആകെ38 പ്രതികളാണ് ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഒരു പ്രതി നേരത്തെ കൊല്ലപ്പെട്ടു. മറ്റൊരു പ്രതി രണ്ട് മാസം മുമ്പ് മരണപ്പെടുകയും ചെയ്തു. വിധിക്കെതരെ മേൽക്കോടതിയിൽ അപ്പീൽ നൽകുന്ന കാര്യത്തിൽ പ്രോസിക്യൂഷൻ ഉടൻ തീരുമാനം എടുക്കും.